Магнітно-резонансна томографія мозку при епілепсії проводиться за розширеним епілептологічним протоколом із тонкими зрізами та особливою увагою до скроневих часток і гіпокампів, де найчастіше ховаються причини нападів. Цей підхід дозволяє виявити склероз гіпокампа, кіркові дисплазії, рубцеві зміни, судинні аномалії та інші утворення, які можуть провокувати судоми.
Дослідження не несе променевого навантаження, тому підходить для повторних обстежень та спостереження в динаміці, у тому числі у дітей і молоді. Точна локалізація вогнища має ключове значення для підбору лікування, а в окремих випадках і для вирішення питання про хірургічне втручання, тому протокол ретельніший і триваліший за звичайну МРТ мозку.